급변하는 국내의 물관리 상황변화에 효과적으로 부응하기 위해서 국내 산업폐수 관리체계의 문제점을 검토하여 배출허용기준의 설정 및 운영, 배출시설 허가제도, 특정수질유해물질 배출시설 관리, 폐하수 종말처리구역내 배출업소관리 등에 대한 제도개선 방안 및 구체적 추진계획을 정립하여 실제 적용 가능한 국내 산업폐수 관리체계 개선방안을 도출할 필요가 있다. 이에 본 연구에서는 국내외 산업의 배출허용기준 체계검토 등을 통한 배출허용기준 제도 개선방안 도출, 국내 배출허가제도 문제점 및 외국허가제도의 장단점 검토를 통한 새로운 배출허가제도 개선, 국내·외 특정수질유해물질 관리제도의 특성을 비교 검토하여 특정수질유해물질 선정 및 기준설정 시스템 확립 등 특정수질유해물질 배출시설 관리 체계 개선, 폐수종말 처리구역내 개별업소 및 산업폐수 종말처리장 연계 분석 등을 통한 폐하수 종말처리구역내 배출업소 관리개선 등 현재 및 장차 주요 잇슈로 대두되거나 대두될 산업폐수관리를 위한 정책방안을 제시하였다.
먼저 배출허용기준 체계 개선 방안에서는 폐수배출허용기준 운영개선 방안, 배출허용기준 항목확대 및 조정방안, 지도·점검 체계 개선 방안 등을 제시하였다. 배출시설 허가제도 개선에서는 총량관리제의 시행 등에 따른 수질관리 정책의 발전과 기존 허가제도의 효율화를 위해 사전 전문가 검토 등을 거쳐 조건부로 허가할 수 있는 체계 도입 추진 등 업종별로 차별화된 배출허용기준 체계 등을 검토하였다. 최근 도입된 오염총량관리제로 인하여, 폐수배출 허용기준이 점차 강화되고, 수계별로 차등화 되어야 하며, 또한 폐수처리 및 운영기술의 발달로 전반적인 산업폐수 관리 체계가 변화되어야 한다. 이에 따라 배출시설 허가제도도 개선방안과 수질관리에 민감한 특별대책지역, 배출시설 설치제한 지역에 한하여 무방류시설의 도입, 허가시 허가 유효기간 및 허가조건 부여, 허가 및 갱신시 기술검토의 의무화, 업종별, 규모별, 수계별 배출허용기준의 차별화등에 대한 방안도 검토하였다.
특정수질유해물질 관리체계 개선에서는 크게 3분야로 나누어 검토하였으며, 첫째는 유해물질 항목선정 방법 및 동 물질에 대한 배출허용기준 설정 방법을 제시하는 방안이다. 두 번째 부문은 생태독성을 이용한 산업폐수 관리체계 도입시 현행 체계와의 위상 검토 부문과 마지막으로 특정수질유해물질과 사전예방적 토지이용규제와의 관계 재정립 분야로 특정수질유해물질의 독성 수준에 따라 토지이용규제 차별화 방안 등 배출시설 설치제한 지역의 무방류시스템 입지 허용과 관련된 사항을 검토하였다. 마지막으로 공단 폐수종말처리장내 폐수배출업소 관리개선 방안에서는 오염물질의 이중 처리, 처리구역내 폐수배출시설에 대한 지도·단속의 비효율성 등의 문제에 대한 해결방안을 제시하였으며, 주요 검토내용으로는 배출업소 지도단속 업무의 운영기관 위탁 방안, 수질관리의 일원화를 통해 이중 처리에 의한 비효율성 개선방안 등을 제시하였다.