인간에 의한 개발은 야생생물 서식지를 파편화하고 생물다양성을 지속 적으로 감소시키고 있다. 특히, 우리나라는 국토면적에 비해 다양한 개발 사업이 증가하고 있으며 이로 인해 생물다양성의 감소가 더욱 심화될 것으로 전망되고 있다. 또한 생물다양성협약(CBD) 의제 중 영향평가 (impact assessment)에 대한 우리나라의 이행 정도는 협약 권고사항과 차이가 크며, 이는 생물종 수 및 개체 수 위주의 평가로 인하여 환경정책 및 환경영향평가 등에 종 다양성, 유전적 다양성, 생태계 다양성이 반영 되지 않고 있기 때문이다. 이에 생물다양성 관련 정책 및 환경영향평가 등의 효율적인 운용과 생태계 지속가능성 평가의 선진화를 유도하기 위한 생태·유전 정보 기반의 융복합적 생물다양성 평가방법 개발과 정책· 제도 개선이 필요한 시점이다. 본고에서는 생물유전 정보를 이용한 계통적 다양성(phylogenetic diversity)을 기반으로 한 융복합적 생물다양성 평가방법을 제시하였다. 또한 범부처 차원에서 장기간 수행된 자연환경 모니터링 기법의 개선 방향과 생물다양성 평가로의 활용방안을 제언하였다. 나아가 기존 생물다양성 평가기법과의 차이점 비교를 통해 환경정책과 환경영향평가 등에서의 다양한 정책적 활용방안을 제언하였다.